Tüm bu DNA'yı analiz etmek zorlu bir görev ve yeni bir alan. Hem mevcut bilgisayar araçlarını uyarlamamız hem de bazı yeni analitik stratejiler geliştirmemiz gerekti. Dolayısıyla bu çalışma, bu tür analizler için yeni bir iş akışı geliştirmenin başlangıç noktası haline geldi.

Bu, DNA'yı karakterize etmek için farklı stratejiler kullanarak DNA madenciliği yapmayı, kısa DNA parçalarını daha uzun olanlarla bir araya getirmeye çalışmayı ve hangi DNA parçalarının patojenlere (zararlı mikroorganizmalar) ait olduğunu bulmak için makine öğrenme tekniklerini kullanmayı içerir. Ayrıca verilerin, diş çürüğü (çürük) ve periodontitisi olan modern insanların ağızlarında gördüklerimizle karşılaştırılmasını da içerir.

Yüksek organizmalar

Doğal olarak, ağız mikrobiyomunda, yani ağızda doğal olarak bulunan mikroorganizmalar yelpazesinde beklenen türde bakteriler bulduk. Ayrıca diş çürüğü veya çürük (Streptococcus mutans) gibi durumlara ve Hib hastalığı ve endokardit gibi sistemik hastalıklara karışan bakterilerin izlerini de bulduk. Ayrıca apseye neden olabilen bakteriler de vardı.

Bu patojen mikroorganizmalar yüksek bir sıklıkta mevcut olsa da, sağlıklı bir ağız mikrobiyomu için beklenen düzeyin açıkça üzerinde değildi. Dolayısıyla, grup üyelerinin bu mikroorganizmaların ilişkili olduğu hastalıklardan muzdarip olduğuna dair kesin bir kanıt yoktur.

Bununla birlikte, bulduğumuz şey, ciddi diş eti hastalığı-periodontitis ile ilişkili bakterilerin bolluğuydu. Bir makine öğrenme stratejisi (bu durumda Rastgele Orman modellemesi adı verilen bir teknik) uyguladığımızda, reçine parçalarından birini çiğneyen kızın %75'ten fazla olasılıkla periodontitis hastası olduğu sonucuna ulaştık.

Ayrıca bakterilerden daha büyük organizmalara ait DNA'lar da bulduk. Kızıl geyik, kahverengi alabalık ve fındık DNA'sı bulduk. Bu DNA muhtemelen gençlerin huş ağacı ziftini ağızlarına koymadan önce çiğnedikleri materyalden geliyordu.

Ancak biraz temkinli olmamız gerekiyor çünkü tam olarak ne bulacağımız elimizdeki karşılaştırma verilerine de bağlı. Ökaryotik organizmaların genomları (bitki ve hayvanları içeren grup) mikroorganizmalarınkinden daha büyük ve daha karmaşık olduğundan, yüksek kalitede bir ökaryotik genomu bir araya getirmek daha karmaşıktır.

Reçine örneklerinde daha az ökaryotik genom vardır ve bunlar daha düşük kalitededir. Bu, örneğin kahverengi alabalığımızın aslında kahverengi bir alabalık olmayabileceği, ancak en azından somon ailesinden olduğundan emin olduğumuz anlamına geliyor.

Ayrıca çok sayıda tilki DNA'sı bulduk, ancak bunu yorumlamak daha zor. Tilki eti diyetin bir parçası olabilir, ancak bu gençler tekstilde kullanmak için tilkilerin tendonlarını ve kürklerini de çiğnemiş olabilirler. Alternatif olarak, tilki DNA'sı bölgesel işaretlemeden kaynaklanmış ve tükürüldükten sonra reçineye karışmış da olabilir.

Ancak kesin olarak öğrendiklerimiz, Taş Devri insan kültürünün bu büyüleyici kayıtlarını anlamada büyük bir adımı temsil ediyor. Bunlardan daha fazlasını analiz ettikçe, daha da fazla sürpriz ortaya çıkabilir.

Kaynak: PHYS ORG