Bölgede 10. yüzyılda yaşanan büyük depremdeki çökmenin etkisi ya da suların yükselmesiyle göl sularına gömüldüğü tahmin edilen bazilikada, Kültür ve Turizm Bakanlığı izni, İznik Müze Müdürlüğü başkanlığı, Bursa Büyükşehir Belediyesi desteğiyle Bursa Uludağ Üniversitesi (BUÜ) Fen-Edebiyat Fakültesi Arkeoloji Bölümü öğretim üyesi Prof. Dr. Mustafa Şahin'in bilimsel danışmanlığında, 2015 yılında başlatılan arkeolojik kazılar sürüyor.

Amerika Arkeoloji Enstitüsünün yayımladığı Arkeoloji Dergisinin 2014 yılında, dünya çapındaki en önemli 10 keşiften biri olarak seçtiği İznik Gölü'ndeki bazilikaya ilişkin çalışmalarını sürdüren ekip, bazilikanın yıkıldıktan ya da sular altına battıktan sonra 13. yüzyılda, gömülerek terk edildiği bilgisine ulaştı.

İznik Gölü'nde 2015 yılında başlayan kazıların aralıksız bir şekilde devam etmekte. "İznik Gölü Bazilikal Kilise, hem Aziz Neophytos adına inşa edilen bir kilise olması hem de öncesinde büyük olasılıkla I. Konsil'in burada toplanma olasılığı nedeniyle, dini turizm açısından oldukça önemli bir kalıntı. Bu nedenle burada söz konusu olasılıkların gerçek olup olmadığını ortaya çıkarmak üzere kazı çalışmalarına devam ediliyor."

Bu sezon gerçekleştirilen arkeolojik kazı çalışmaları kapsamında, 480 dalış gerçekleştirildi. Dalışlar neticesinde kilisenin tam olarak 13. yüzyılda, yani Laskaris'ler döneminde terk edildiği ve kaderine bırakıldığı anlaşılmıştır. Yapı temellerinin 13. yüzyıldan sonra sualtında kalmış olma ihtimali de var. Çünkü kazı yapılan alanda, kilisenin gömülerek terk edildiğini görülmekte. Gömülerek terk edilmiş olması, yapının Hristiyanlar tarafından önemsendiğini ve kutsandığını göstermekte. Henüz sualtında ne zaman kaldığıyla ilgili açık bir veri olmamasına rağmen yapının ilk etkili şekilde yıkılması, 10. yüzyılda gerçekleşen büyük depremde gerçekleşmiş olmalı. Bu konuda önemli ipuçları var. Bu deprem, bütün körfezi etkisi altına almış ve İstanbul'a kadar büyük bir yıkıma neden olmuştur. Büyük bir ihtimalle 10. yüzyıldan sonra tekrar eski ihtişamına, görkemli günlerine dönemedi ve esaslı bir onarım yapılamadı. Elde edilen verilere göre, kilise biraz daha küçültülerek, bir mezar kilise olarak varlığını devam ettirdi. Sonrasında da 13. yüzyılda Laskaris'ler döneminde tamamen terk edilerek, kaderine bırakıldığını bu sezon yapılan kazılarla kesin olarak ortaya çıkmaktadır.