Söz konusu çalışmalarla MÖ 1050 yıllarında Atinalı kolonistler tarafından kurulduğu varsayılan Efes'in çok daha önce İlk Tunç Çağında (MÖ 3000) kurulduğu ve Ayasuluk Tepesi'nin İlk Efes yerleşmelerinden biri olduğu anlaşılmıştır. Hitit İmparatorluk Döneminde Batı Anadolu'da onlara yarı bağımlı olarak varlık gösteren Arzawa-Mira Krallığı'nın başkenti olan Apasas'ın da Ayasuluk Tepesi (I. Efes) olduğu yeni bulgularla kesinleşmiş gibidir. MÖ 1900-1100 yılları arasında Efes çevresindeki en önemli yerleşim yerinin Ayasuluk Tepesi'ndeki kent veya kale olduğu anlaşılmaktadır. Bunun nedeni Efes çevresinde bu döneme ilişkin buluntuların şimdilik yoğun olarak burada ve bu yerleşmeye bağlı kült yeri olan Artemis Tapınağı'nda çıkarılmış olmasıdır. Neolitik Dönemden itibaren kıyı çizgisi değişen alanın Arkaik ve Hellenistik Dönemde deniz kıyısında olduğu tespit edilmiştir.

Prehistorik Dönem Araştırmaları (Ayasuluk Tepesi ve St Jean Anıtı Arşivi)

Prehistorik Dönemden itibaren yerleşim yeri olan Ayasuluk Tepesi, Arzawa-Mira Krallığı Döneminde Apasas, daha sonra Ephesos adıyla anılıyordu. Lydia Kralı Kroisos Efes'i alıncaya kadar (MÖ 560) anakent konumundaydı. Kroisos'un zorlamasıyla Artemis Tapınağı çevresindeki yeni yerine taşınan II. Efes daha sonra buradaki limanın dolmasıyla tekrar yer değiştirmiştir. Büyük İskender'in generallerinden Lysimakhos tarafından MÖ 300 yıllarında kurulan Hellenistik kent (III. Efes) Roma Çağında Asia Eyaleti'nin başkenti durumuna gelmiştir. Geç Antik Çağda ise kent gerileme sürecine girmiş, MS 7.yüzyılda limanın kullanılmaz hale gelmesiyle tekrar yer değiştirmiştir. Bundan sonra artık kent (IV. Efes); eski yerinde I. Efes'in kurulduğu yerde Ayasuluk Tepesi'ndedir. Ayasuluk Tepesi Aziz Yuhanna Kilisesi'nin yapımı ile yeniden önem kazanmış ve savunma sisteminin yapılması ile birlikte kale kent görümünde olan bir hac merkezi konumuna gelmiştir.